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NKstars的namd编译

下载NAMD,网址:http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/
包括NAMD源文件,还有tcl,fftw,plugins模块.
#选tcl,fftw模块的时候要选redhat9.0的,南开之星远行的就是这个.

解压NAMD
tar -xzvf NAMD*

在NAMD的目录下又一个charm的tar包,也解压
tar -xvf charm*

#编译namd要用charm++编译,所以先编译charm,然后用charm编译namd.

转换到charm目录,运行目录下build脚本
如下:
./build charm++ mpi-linux gm icc --incdir=/usr/local/mpich/1.2.6..13a/gm-2.1.3aa2nks3/smp/intel32/ssh/include --libdir=/usr/local/mpich/1.2.6..13a/gm-2.1.3aa2nks3/smp/intel32/ssh/lib

#该脚本编译charm++,脚本编译的是mpi-linux架构的charm++,所以编译的时候加入了mpich的头文件路径跟裤路径.

编译完了要修改charm目录下的./src/arch/mpi-linux/conv-mach.sh文件,为CMK_LIBS变量中的"-lmpich"指明路径,又mpich要用到gm库,所以也把gm库的引用在这个变量中申明,如下:
CMK_LIBS='-lckqt -L/usr/local/mpich/1.2.6..13a/gm-2.1.3aa2nks3/smp/intel32/ssh/lib -lpmpich -L/opt/xcat/gm/lib/ -lgm'

#这个文件是charm++编译其他软件的时候的引用文件,如果你想让charm++引用其他的编译器,可以在这个文件中修改.

charm++编译到此结束,可以到charm目录下的tests子目录下测试charm++,如果出现问题,病不能解决,建议利用高一点版本的charm,比如charm5.9.

"cd .."到namd目录,建立tcl,fftw,跟plugins目录,把原先下载的tcl,fftw,plugins模块复制到对应目录下.

修改arch目录下的Linux-i686.fftw,Linux-i686.tcl和All-Unix.plugins文件,修改这些文件中所指的对应库文件的路径.可以查看目录下的Linux-i686-*.arch文件,该文件说明namd的编译要用到的charm++构架,也就是上文所述编译的charm.

运行namd目录下config脚本,引入这些模块,如下:
./config tcl fftw plugins Linux-i686-MPI-icc

#改脚本是一个链接程序,把要建立的namd的所有源文件链接到Linux-i686-MPI-icc目录下.

"cd Linux-i686-MPI-icc"到该目录下,执行make,可以生成namd2程序.

#保佑你不要出错,阿门!!

由 sen 发表于 May 25, 2006 10:48 AM