分子对接Docking基本步骤，使用UCSF分子对接程序Dock5.x或者6.x。
首先获得靶蛋白分子PDB文件，可以从PDB database网站上搜索。同时取得小分子的PDB或者mol2文件。Dock程序要求分子文件必须为mol2结构，因为mol2文件可以记录分子中各个原子的代电量等，包含信息比较多。准备分子对接文件时候，最后也使用UCSF提供的Chimera(http://www.cgl.ucsf.edu/chimera),好用免费，同时功能齐全。也可以使用VMD，但是要和tleap程序一起用。
首先对靶蛋白分子进行处理，去除靶蛋白PDB文件中包含的其他小分子和水分子，无关紧咬的金属离子等。以Chimera为例，可以使用Dock Prep功能一步搞定。然后利用Chimera给靶蛋白分子加上H原子，同时计算代电量。如果靶蛋白的分子量过大，再后续步骤中可能会出错，所以无关必要的要清除干净。保存靶蛋白为mol2格式。然后对要进行docking的小分子进行同样操作，加氢和加电，然后保存为Mol2格式。
准备完两个基本对接分子后，要准备靶蛋白分子的分子表面文件，需要使用dms程序，同时需要靶蛋白分子的PDB文件。用Chimera去除靶蛋白分子的氢原素，保存为pdb文件格式。然后利用dms生成靶蛋白分子表面文件。命令格式可以为：
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dms input_file [-a -d density -g file -i file -n -w radius -v] -o file
-a use all atoms, not just amino acids
-d change density of points
-g send messages to file
-i calculate only surface for specified atoms
-n calculate normals for surface points
-w change probe radius
-v verbose
-o specify output file name (required)
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例，如果靶蛋白无氢PDB文件为rec_noH.pdb，可以使用一下命令生成表面文件：dms rec_noH.pdb -n -w 1.4 -v -o rec.ms。其中参数都为默认值。rec。ms为靶蛋白分子表面文件，可以用Chimera监查。dms可以从一下地址下载：http://www.cgl.ucsf.edu/Overview/software.html#dms
下一步使用Dock程序包自带的sphgen程序生成靶蛋白的球面文件，即计算靶蛋白分子表面的性状各个不分的曲率半径。sphgen要求一个INSPH文件在目录下，格式如下：
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rec.ms #molecular surface file
R #sphere outside of surface (R) or inside surface (L)
X #specifies subset of surface points to be used (X=all points)
0.0 #prevents generation of large spheres with close surface contacts (default=0.0)
4.0 #maximum sphere radius in Angstroms (default=4.0)
1.4 #minimum sphere radius in Angstroms (default=radius of probe)
rec.sph #clustered spheres file
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其中各项为默认值，细节氢参考Dock文档。rec。ms为上一步生成的分子表面文件，rec。sph为球面文件。
下一步需要使用Dock自带的showspere程序显示有可能接合的位置，showspere可以是问答式，也可以使用一个配置文件以：showspere < showsphere.in 命令方式运行。showsphere。in 文件格式如下：
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rec.sph #sphere cluster file
1 #cluster number to process (<0 = all)
N #generate surface as well as pdb file
selected_cluster.pdb #name for output file
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运行后得到selected_cluster.pdb文件，即为有可能接合位置文件，可以使用Chimera查看。再用DDock自带的sphere_selector程序参考小分子mol2文件选择有可能接合的位置，命令如下。
sphere_selector rec.sph lig_charged.mol2 10.0
其参数为默认值。lig_charged。mol2为小分子带电荷文件。该程序会生成sphere_selected.sph文件，即为小分子有可能接合位置文件。
接下来使用Dock自带的showbox程序划出有可能接合的几何区域，dock将在这个Box里面进行，所以很重要。命令方式如下：
showbox < box.in
box.in文件格式为
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Y
5
sphere_selected.sph
1
rec_box.pdb
-------------------------------------------------------------------
命令得到rec_box。pdb文件，即为小分子与靶蛋白进行对接的区域。到此Docking的工作完成一半。剩下的就是Grid和docking。如果没有出错，后面做docking一般不会出现错误。
Dock自带的grid和dock程序的输入格式基本一样： grid -i grid.in -o grid.out/dock -i dock.in -o dock.out.
grid.in和dock.in为输入文件，参数较多，请参考dock手册。
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