Gromacs的索引文件，即index文件，由make_ndx程序生成，文件后缀为.ndx。
索引文件是gromacs最重要的概念文件，使用它可以在模拟过程中为所欲为。举一个简单的例子，比如想详细了解HIV整合酶切割DNA的反应机理，使用量子力学模拟反应位点的反应过程，而分子其他部位使用一般分子动力学模拟。于是我们就面临一个对模拟系统进行分割定义的问题，在gromacs中，就要用到索引文件。
基本的思路是这样的，在索引文件中，定义一个独立的组，这个组包括反应位点处所有原子。在模拟的.mdp文件中，对这个组定义量子力学模拟，事情就是这么简单。对蛋白进行量子力学模拟时，一般使用洋葱模型。所谓洋葱模型，就是对反应位点使用量子机制，在反应位点一定的半径内，使用半量子力学机制，然后分子部分使用分子机制。那么索引文件就定义一个使用量子力学的组，把需要引进量子机制的原子都放到这个组中；再定义一个半量子机制的组，同时放进需要半量子力学机制模拟的原子，再在.mdp文件中独自定义即可。
再举一个例子，比如说在进行SMD（Steered Molecular Dynamics，这个我一直没有想到或者找到切恰的中文翻译方法，或许可以叫做牵引分子动力学？？别扭！！）中，要对蛋白莫一个原子或者残基作用力，那么可以建立一个索引文件，在该文件中定义一个组，把要施力的残基或者原子放到该组中。然后在.ppa文件中使用该组就行了。
如果我还没有说明白，那么看看gromacs的参考文件吧。如果还是不明白，可以来找我，我免费培训。^_^
索引文件使用make_ndx命令产生，"make_ndx -h"可以看到全部的参数。运行make_ndx后，可以使用" r "命令选择残基，" a "命令选择原子，" name 命令多组进行改名。可以使用" | "表示或运算，" & "表示与运算。下面是几个简单的例子：
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1.选择56号残基
r 56
2.选择3至45号残基
r 3-45
3.选择3至15，23至67号残基
r 3-15 | r 23-67
4.选择3至15号残基的主干链原子
r 3-15 & 4 #在索引文件中，4号组为默认的主干链。
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组合是灵活的，使用的时候好好发挥聪明的大脑啦。
个人觉得gromacs把索引文件概念做得非常好，并独立成一类文件是一个不小的创举啊。在这个概念很值钱的年代，基本上使gromacs多一个大大的卖点。（再说明一下，gromacs是免费的GNU产品，质优无价。）
由 sen 发表于 November 15, 2007 11:17 AM你的blog让我受益非浅！深入浅出，引人入胜！期待更多的关于md的好文章！
由 beibei 发表于 December 6, 2007 05:22 PMktFCfm daafhaxgtpzz, [url=http://ssiyhhqqyztz.com/]ssiyhhqqyztz[/url], [link=http://aocjdddprrtx.com/]aocjdddprrtx[/link], http://yhnbnqpssfyh.com/
由 pjxbzyo 发表于 September 18, 2008 08:32 PMhttp://flash-animator-14.theholenews.net/blog/entry/mardi-gras-flashers/|mardi gras flashers http://chemical-pathology-95.yourdaynews.net/node/chemical-brothers-star-guitar/|chemical brothers star guitar http://blood-types-81.ibestnews.net/wordpress/bloody-mary-space/|bloody mary space http://flowers-24.thenewsvision.net/wordpress/artificial-flowers/|artificial flowers http://mister-jekill-44.thenewsvision.net/2008/08/federico-angelucci-amore-mistero/|federico angelucci amore mistero http://meyer-55.yourdaynews.net/2008/08/18/citazione-twilight-stephenie-meyer/|citazione twilight stephenie meyer http://brigata-gialloblu-46.yourdaynews.net/wordpress/brigata-cani-da-birra/|brigata cani da birra http://macbeth-summary-30.yourdaynews.net/2008/08/14/macbeth-summary/|macbeth summary http://hidden-incest-84.yourdaynews.net/2008/09/hidden-object-game/|hidden object game http://lesbian-dungeon-86.ibestnews.net|lesbian http://unleashed-28.yourdaynews.net/the-force-unleashed/|the force unleashed http://affitto-valledaosta-26.thenewsvision.net/node/canone-affitto/|canone affitto http://cattura-sarago-21.theholenews.net/wordpress/catturare-deoxys-smeraldo/|catturare deoxys smeraldo http://cortese-palermo-94.theholenews.net/medici-chirurgo-palermo/|medici chirurgo palermo http://casagrande-7.thenewsvision.net/marco-casagrande/|marco casagrande http://mortgage-agents-7.ibestnews.net/blog/entry/second-mortgage-rata/|second mortgage rata http://lucania-basket-28.yourdaynews.net/blog/entry/jesi-basket/|jesi basket http://emiliano-35.thenewsvision.net/2008/09/09/emiliano-zapata/|emiliano zapata http://incidentate-99.theholenews.net/2008/08/acquisto-moto-incidentate/|acquisto moto incidentate http://worst-nightmare-14.ibestnews.net|worst http://waycall-assistance-44.theholenews.net/hog-assistance/|hog assistance http://eseguire-innesto-41.thenewsvision.net/blog/entry/eseguire-scandisk/|eseguire scandisk http://player-77.yourdaynews.net/mpeg-movie-player/|mpeg movie player http://norme-71.thenewsvision.net/wordpress/fotografia-gratis-seno-enorme/|fotografia gratis seno enorme http://conquistare-bilancia-97.theholenews.net/wordpress/bilancia-elettronica-pesa-alimento/|bilancia elettronica pesa alimento http://download-photoshop-73.yourdaynews.net/wordpress/kerio-firewall-download/|kerio firewall download http://orvietano-nichelino-23.theholenews.net|orvietano http://signal-31.theholenews.net/wordpress/digital-signal-processor/|digital signal processor http://canone-friuli-47.yourdaynews.net/blog/entry/foto-aerea-friuli/|foto aerea friuli http://monza-piantina-45.thenewsvision.net/node/cap-monza/|cap monza http://totti-francesco-68.thenewsvision.net/node/francesco-testo/|francesco testo http://iguana-collare-80.yourdaynews.net/blog/entry/iguana-delle-galapagos/|iguana delle galapagos http://collaborazione-fotografo-3.ibestnews.net/ruggiero-battipaglia-fotografo/|ruggiero battipaglia fotografo http://reumatismo-primari-48.thenewsvision.net/node/grammatica-italiana-scuola-primaria/|grammatica italiana scuola primaria http://mercatino-ancona-23.thenewsvision.net/2008/08/ordine-ingegnere-ancona/|ordine ingegnere ancona http://telefilms-lista-90.yourdaynews.net/2008/08/28/lista-film-tutti-genere/|lista film tutti genere http://generate-60.thenewsvision.net/user-generated-content/|user generated content http://concreta-31.yourdaynews.net/blog/entry/concreta-polishing-macchina/|concreta polishing macchina http://navigatore-satelitari-99.theholenews.net/node/navigatore-gps/|navigatore gps http://altopiano-sciliar-41.yourdaynews.net/2008/08/campeggio-altopiano-baselga-pine/|campeggio altopiano baselga pine http://presepe-napoletano-57.yourdaynews.net/blog/entry/download-mussolini-doppiaggio-napoletano/|download mussolini doppiaggio napoletano http://tribal-angel-18.thenewsvision.net/2008/08/05/angelina-jolie-sexy/|angelina jolie sexy http://black-67.theholenews.net/2008/08/20/black-hooker/|black hooker http://commissario-esterni-79.theholenews.net/blog/entry/commissario-liquidatore/|commissario liquidatore http://camonica-valley-10.yourdaynews.net/node/scotts-valley/|scotts valley http://travels-40.ibestnews.net/2008/08/sunny-travels/|sunny travels http://munich-69.yourdaynews.net/2008/08/05/rivenditore-munich/|rivenditore munich http://toshiba-sattelite-65.thenewsvision.net/node/toshiba-satelite-laptop/|toshiba satelite laptop http://jonathan-pryce-47.theholenews.net|jonathan http://lynne-30.ibestnews.net/blog/entry/pool-minigolf-lynne/|pool minigolf lynne
由 Googlyazer 发表于 September 21, 2008 12:55 PM看了你的blog，很有用啊，想跟你讨论一些SMD的问题，能否联系我呢，谢谢
由 Dove 发表于 March 11, 2009 11:02 AM