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关于两个非平衡分子动力学模拟的命名

分析蛋白质，核酸等生物分子结构机械特性时，常常可以在模拟中对这些分子添加外来拉力，以模拟原子力学显微镜（AFM）的做法。

现在这中模拟方法的使用越来越多，叫法也比较混乱。原则性上，可以分为常速拉伸分子动力学模拟（constant velocity pulling MD simulation) 以后常力拉伸分子动力学模拟（ constant force pulling MD simulation)。其实就是模拟AFM实验中力学探针拉伸生物分子的动作。

在英文名称中，很多人把所有这些受力模拟称为“Steered MD simulation"，这个称谓主要来自美国某为比较知名教授，本人觉得莫名其妙，同时十分难翻译。另外的一种称为与AFM联系起来，非别称常速拉伸与常力拉伸为”Force-probe MD simulation（FPMD）“和”Force-clamp MD simulation（FCMD）“。这种跟模拟原理相结合的称为比较合理，可以翻译为“力学探针分子动力学模拟”和力学“探钳分子动力学模拟”。

在此强烈建议各位帅哥靓妹使用这种与原理相结合的命名方法，不要在杂志上造成混乱。嘿嘿。