May 25, 2006
NAMD 简介
NAMD Molecular Dynamics Software(NAMD分子动力学计算软件)
自由,开源
开发团队:Illinois大学,Illinois 贝克曼研究所,理论生物物理小组.
NAMD 官方主页: http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd
公布论文:
Laxmikant Kale,Robert Skeel,Milind Bhandarkar,Robert Brunner,Attila Gursoy,Neal Krawetz,James Ohillips,Aritomo Shinozaki,Krishnan Varadarajan,and Klaus Schulten.
NAMD2: Greater scalability for parallel molecular dynamics.
J. Comp. Phys.,151:283-312,1999.
NKstars的namd编译
下载NAMD,网址:http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/
包括NAMD源文件,还有tcl,fftw,plugins模块.
#选tcl,fftw模块的时候要选redhat9.0的,南开之星远行的就是这个.
解压NAMD
tar -xzvf NAMD*
在NAMD的目录下又一个charm的tar包,也解压
tar -xvf charm*
#编译namd要用charm++编译,所以先编译charm,然后用charm编译namd.
转换到charm目录,运行目录下build脚本
如下:
./build charm++ mpi-linux gm icc --incdir=/usr/local/mpich/1.2.6..13a/gm-2.1.3aa2nks3/smp/intel32/ssh/include --libdir=/usr/local/mpich/1.2.6..13a/gm-2.1.3aa2nks3/smp/intel32/ssh/lib
#该脚本编译charm++,脚本编译的是mpi-linux架构的charm++,所以编译的时候加入了mpich的头文件路径跟裤路径.
编译完了要修改charm目录下的./src/arch/mpi-linux/conv-mach.sh文件,为CMK_LIBS变量中的"-lmpich"指明路径,又mpich要用到gm库,所以也把gm库的引用在这个变量中申明,如下:
CMK_LIBS='-lckqt -L/usr/local/mpich/1.2.6..13a/gm-2.1.3aa2nks3/smp/intel32/ssh/lib -lpmpich -L/opt/xcat/gm/lib/ -lgm'
#这个文件是charm++编译其他软件的时候的引用文件,如果你想让charm++引用其他的编译器,可以在这个文件中修改.
charm++编译到此结束,可以到charm目录下的tests子目录下测试charm++,如果出现问题,病不能解决,建议利用高一点版本的charm,比如charm5.9.
"cd .."到namd目录,建立tcl,fftw,跟plugins目录,把原先下载的tcl,fftw,plugins模块复制到对应目录下.
修改arch目录下的Linux-i686.fftw,Linux-i686.tcl和All-Unix.plugins文件,修改这些文件中所指的对应库文件的路径.可以查看目录下的Linux-i686-*.arch文件,该文件说明namd的编译要用到的charm++构架,也就是上文所述编译的charm.
运行namd目录下config脚本,引入这些模块,如下:
./config tcl fftw plugins Linux-i686-MPI-icc
#改脚本是一个链接程序,把要建立的namd的所有源文件链接到Linux-i686-MPI-icc目录下.
"cd Linux-i686-MPI-icc"到该目录下,执行make,可以生成namd2程序.
#保佑你不要出错,阿门!!
May 24, 2006
Qiuqiu
Qiuqiu在我搬进高中宿舍一个星期后才搬进宿舍。那个时候觉得很奇怪，因为他妈妈帮他搬进来的。我们室内有八个人：室长、色狼、老三、阿源，太监、胖子、Qiuqiu，然后就是我。后来我们把胖子赶走了，然后大头搬进来。
我们这些人，除了室长之外，都没有住校的经验。住校有很多好玩的话题，从开始的入学成绩，到骇人听闻的有实证的鬼故事，到肆无忌惮的评价后楼的某某女生。Qiuqiu很多时候都是旁听者，很多时候也是大家逗乐的对象，因为每每我们所聊的，他都不知所云。
高中书包不见了，听起来是一件不可思议的事情。Qiuqiu的书包不见了，跑回来跟大家说的时候被大家训了一番。后来在西湖后球场找到了，书包里所有值钱的东西都被拿走，剩下基本书。我们就读那个高中，内宿的环境很差，东西放在班里经常丢，记得有一个同学的新课本丢了，跑去旧书市场买，却捣出自己被偷的课本。在那个高中读书，大家基本都很开心，除了Qiuqiu。很多时候，大家在宿舍开心说话，Qiuqiu阴着脸走进来，书包重重的扔在床上，说一句“心情不好”，倒头就睡。后来“心情不好”简直就是Qiuqiu的绰号。
Qiuqiu总的来说很喜欢学习，但是更多的时候受不了学习。高中跟一个叫做“北阁佛灯”的景点连在一起，每天傍晚5点以后，那边没有游人，我们都喜欢带几本书跑去那边看书。与其说看书，不如说跑去那边，居高临下可以看到韩江来来往往的轮船，十分宜人。聊天是自习很大的一部分，我们坐在那里聊天，开心的事情，不开心的事情，还有共同好奇的事情。高中也会想未来，那个时候对大学没有概念，所以我们只谈工作。谈工作是一件奇怪的事情，至少现在想起来还觉得十分可爱可笑。我们谈了很久，最后我们决定同意Qiuqiu的建议，将来合伙建一个生产“308胶水”的工厂；而之所以叫做“308胶水”，是因为我们的宿舍门牌号就是308。
高二结束的时候，我们宿舍楼重新装修，但是是给女生用，所有男生被赶到山上的破宿舍，我们宿舍也四分五散。高三的学习比较压抑，大家匆忙异常，308的室友也慢慢冷淡，Qiuqiu每次见面却总能给人热乎的感觉。有的人总是向前走，有的人也会回头看看的。
上大学的时候，308的大头和我到了北方，其他人都在省内。后来我们聚会，好多次都在Qiuqiu家里。而现在联系最多的，还是他。平淡的想念，开心的回忆。
May 18, 2006
linux下安装其它版本linux
本文是在Magic linux下网络安装redhat linux，对于其他版本linux应该有一定参考性。
环境：一台破电脑，无光驱、软驱等等；ftp服务器（ftp：//202.113.231.116/pub/install/RH90,南开校外不一定上的了）。
首先下载服务器上，/pub/install/RH90/isolinux下所有文件到自己硬盘上，我得硬盘分区如下
hda1 /boot
hda3 swap
hda4 /
hda5 /home
所以，我把它们下到/home下面，然后修改/boot/grub/grub.conf
在文件中加入指向刚才下载的系统暗转核心，主要添加一下条目：
title install
root (hd0,5)
kernel /vmlinuz
initrd /initrd.img
保存文件，重启系统，grub选择install，就进入redhat9安装啦。
安装的方法就很简单啦，选定语言跟键盘鼠标后，就是选择安装方式，我是选择ftp安装，填写ftp的ip地址跟源文件路径就行啦。如果是硬盘安装或者其他安装，事先准备好源文件就行啦。
May 15, 2006
新戏老戏
“否极泰来。”，成语？佛语？
总是佩服思想充满哲学的人，似乎总是那样泰然看待自己面对的周遭，看起来他们非常快乐。
坐着面对beat同学聊HIV，没有这样轻松的经历。是不是别人也是这样，原来不是自己的选择，自己却慢慢喜欢起来。对一个想转系的小师弟也是这样说，自己原来可是很快乐，却总是看到别人很快乐。
生日过了一次又一次，今年好奇怪。朋友给我买了四个好看的小蛋糕，还是第一次别人给我买的生日蛋糕。生日都洋化了，以前我不是这样过生日的。妈妈总是给我煮好大的一碗长寿面，还有两个红鸡蛋。那是妈妈记得我生日的时候，大多数因为太忙了，过了好几天才告诉我生日已经过去。不管怎么样，那样的生日让人快乐，简单不在于形式。妈妈开心拥有我，我开心来到这个美丽的世界。
季节变化了，身体也跟着变化，在这段时间总是这样吧。眼睛视力下降了，电脑屏幕上字体开始看不清楚了，走在阳光下感觉眼眶疼痛难当。晚上疲倦不已，消消沉沉的，像是睡去，像是还醒着。白天清醒的时候，感觉也是那样，有点麻木，但是明明白白知道事情发生，事情结束。
这就是所谓的折磨吗?一个人，两个人；一天，两天。
还有开心的事情，家里有个小生命正在来临。喜欢别人的孩子，感觉那是一种希望，希望的东西都是美丽异常。家里有小孩了，那是自己长大的一种标志，抑或是老去了。
slackware10.2汉化
呵呵，本来一直不愿意升级的，10.0用了好久，但前不久终于忍不住升级到10.2，结果出现了许多不爽的地方，于是干脆重新安装10.2了。
采用的是从Win进行硬盘安装。先在Win下安装虚拟软驱vFloopy。然后把两张install iso解压到fat32分区D: 的slack目录下，从中提取loadlin.exe，bzImage，initrd.img三个文件，放到D:\。
重启，选择从虚拟软驱启动（一定要选无光驱支持，不然安装无法进行），这样就到了DOS的界面，进入D:\，
D:\>loadlin bzImage /dev/ram rw initrd=initrd.img
安装就开始了。分区、setup、选安装源等等都比较无聊，按提示做就是了，一路很顺畅地装完，大概十几分钟吧。wm选的xfce，别的都没要，kde当然不要了（我要第二张盘不是为了装kde，而是为了装qt（因为opera要用到它）和teTeX）。
重启后开始配置。直接从C:\WINDOWS\Fonts\找到simsun.ttc,simhei.ttf等，复制到 /usr/X11R6/lib/fonts/local/，找到以前用的fonts.dir和fonts.scale文件，也放在此，chmod为 644，再fc-cache一下，中文字体就装好了。
然后是美化，把下面的内容写入/etc/fonts/local.conf
则startx以后，效果就已经很好了。
但我还是更喜欢用fvwm，可惜10.2的fvwm只是2.4.19版，于是去linuxpackages.net找到fvwm2.5.12装上，拿出以前的配置文件，恩，又回到以前的感觉了，不过要快一点！
这时发现fvwm里中文字体没有xfce里面好看，分析了一下/etc/X11/xdg/xfce4/xinitrc，发现关键是一个hinting的设置，于是建立~/.Xresources，写入
Xft.dpi: 96
Xft.hinting: 1
Xft.hintstyle: hintmedium
这三行，美化就完全做好了。
顺便说一下输入法的问题。我觉得修改lang.sh不是很好，所以最后选择在~/.xprofile里写入
export LC_CTYPE=zh_CN.gb2312
export XMODIFIERS="@im=fcitx"
export GTK_IM_MODULE=xim
export G_BROKEN_FILENAMES=1
fcitx &
来启动输入法。在这里还可以加入xset b off 等来关掉term里的铃声。
May 12, 2006
May 10, 2006
linspire中文化小结
看上linspire主要是它的美化特别好，还是debian的解构。
安装vmware，然后建立一个linux虚拟机，设定虚拟内存256M。安装linspire，设定基本用户。这些都很简单，说句良心话，linspire做的可以与MS windows媲美。难怪很多人喜欢。
安装完后进Xwindows，很pp。觉得国内红旗如果向linspire学习的话，肯定会很pp，当然肯定很多人会骂。（骂多了就习惯了。）
linspire自己有一个象apt-get之类的东东，但是好像要钱。修改/etc/apt/source.list文件，把软件源指向debian境象服务器。比如南开数学院的202.113.29.3。如下：
/etc/apt/sources.list
# If you uncomment the lines below you can use apt-get to install packages
# from the Debian distribution. However, PLEASE NOTE that you may pull in
# packages which are incompatible with Linspire, and will cause CNR to stop
# working.
deb http://202.113.29.3/debian/debian stable main non-free contrib
然后更新一下apt：apt-get update .就可以在服务器上随便拽软件啦。
搞定apt源，就开始装中文字体。debian的中文化有很多方法，可以简单的象以下的方法实现。
apt-get install ttf-arphic-* ttf-bitstream-vera
然后 vi /etc/X11/XF86Config-4
在FontPath段落加入
FontsPath "/usr/share/fonts/truetype/arphic"
FontsPath "/usr/share/fonts/truetype/bitstream-vera
有了字体啦，要改locale，把它改成中文的，命令是：dpkg-reconfigure locales。然后选中中文的locale，有很多包括zh_CN,zh_TW等等。确定的时候选择中文中文的locale为默认。
/btw:如果想加windows的simsun字体，可以将simsun.ttck拷贝到某个目录下，如：/home/fonte/,然后在目录下运行以下命令fc-cache，然后将该目录的路径加入到/etc/xorg.conf文件中。
最后是安装输入法，个人喜欢fcitx，所以：apt-get install fcitx.重新起动X，基本搞定。嘿嘿。
May 03, 2006
七里海
向北，再向东，起得太早了，路上的颠簸不能阻止疲惫的双眼。闭眼，睁开，就到了七里海。
出游要没有目的，走到哪里就是那里。不知道是谁跟我说过，但是现在说起来却是笑话。地方不一样，感觉总是不一样。走过森林，走过沙漠，然后就面对湿地。有时候美景，总是这样荒芜无奈。
错过了鸟儿路过七里海的时间，走在不知道有没有前路的芦苇中，却惊起两只赤黄色的水鸟。想说一些羡慕的话语，看他们渐飞渐远，形影不离。象是无忧无虑的鸟儿总能让人联想美好的事情，圣人如是，凡夫孰子如是。
坐在芦苇中冥想，安静的四周，蛙声一片。有风，水气湿润，让人不知不觉放下所有戒备。戒备总是带着，总是走着，慢慢就习惯了，放下的时候会有点轻飘飘，想离去，又想一直停住。张眼四望，想要看得更远，想要看所谓的海，是否会有那样的彼岸。在海中，人们都是这样渴望吧，虽然是自己到海来，还为海的壮观感叹不已。
走到累了，最后感受了朝白河，然后，离去。
一天时间，给自己一天的假期。